Na primeira edição da história da Série D, em 2009, o Santa Cruz enfrentou o Central na primeira partida em casa. Após vencer o CSA em Maceió na estreia, e empatou por 2 a 2 com o Central, que terminaria a fase de grupos na liderança do grupo A4, com 12 pontos. O Tricolor foi lanterna com cinco pontos. O outro integrante da chave era o Sergipe.
No ano seguinte, a Cobra Coral enfrentaria novamente o CSA na rodada inicial do certame. Desta vez, como mandante da partida. O Azulão do Mutange devolveu o revés sofrido em 2009 e venceu por 1 a 0 em pleno estádio do Arruda. Os dois times passaram de fase, mas foram eliminados no primeiro mata-mata.
Na temporada que marcou o acesso à Série C, novo tropeço no José do Rego Maciel. Depois de vencer o Alecrim no Rio Grande do Norte, o Santa Cruz recebeu o Guarani de Juazeiro-CE no Mundão do Arruda. Mantendo a escrita dos anos anteriores, ficou apenas no empate em 0 a 0 com os cearenses. O Tricolor foi finalista da competição, mas perdeu a final para o Tupi-MG.
Neste sábado, diante do ASA-AL, o clube pode romper o histórico e vencer uma estreia em casa na Série D pela primeira vez. Na primeira rodada, empatou em 0 a 0 com o Lagarto-SE. A Cobra Coral colocou 20 mil ingressos à venda, dos quais já foram vendidos mais de 7,5 mil.
