Roberto não era a primeira opção do Náutico. Nomes como Lisca, Marquinhos Santos e Alberto Valentim, estiveram na mesa da diretoria alvirrubra, que recebeu diversas recusas por parte destes e de outros profissionais. Além disso, o elenco teria pedido à diretoria uma chance para o auxiliar técnico Dudu Capixaba, que comandou a equipe na derrota por 1 a 0 diante do Bahia nos Aflitos.
A última passagem de Roberto Fernandes pelo Timbu foi em 2018, ano em que tirou o clube de uma fila de 14 anos sem títulos. Um mês após a conquista da taça, o treinador foi demitido devido aos maus resultados na Série C. Caso seja oficializado no comando do Timbu, terá a chance de se sagrar bicampeão estadual.
Seu último trabalho foi como técnico foi à frente do Santa Cruz, em 2021, onde foi rebaixado à Série D do Campeonato Brasileiro.
