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O jogador foi revelado na Ponte Preta, sendo contratado pelo Fortaleza em 2020. O zagueiro atuou pelo São José e voltou ao Tricolor na mesma temporada. Já em 2021, fez oito jogos no time principal e 15 na equipe de aspirantes, com dois gols marcados.
Uma característica que se encaixa com o perfil de reforço que o técnico Hélio dos Anjos queria para o Timbu é que João Paulo é canhoto, fator que será imprescindível para sua escalação durante os jogos. Até o momento, o Náutico só conta com zagueiros destros no seu elenco, situação que influencia negativamente na saída de bola do time. Hélio já havia afirmado que gostaria de contar com um atleta canhoto no grupo.
