Ainda no início da Série C, o Timbu já tinha mudanças em sua diretoria de futebol, com os desligamentos de Italo Braga e Eduardo Henriques em menos de um mês de intervalo. Em contrapartida, o Náutico anunciou o ex-jogador Betão, ainda no mês de abril, como um homem forte no futebol.
Apesar de expectativa sobre o ex-zagueiro, Betão foi anunciado como diretor técnico e deixou claro que sua função no clube não teria relação com vitórias e derrotas, nem com contratações. Ele explicou que veio com a função de profissionalizar os processos dentro do clube, ao lado do diretor Rodolpho Moreira.
O tratamento direto do futebol com contratações ficaram com o diretor estatutário Thiago Dias e diretor remunerado Léo Franco. Em meio a momento de instabilidade na Série C, o presidente Bruno Becker anunciou Eduardo Granja, diretor da pasta de Formentos, como também diretor de futebol do clube.
Além de polêmica pelo torcedor não entender a função de cada diretor no clube, também foram levantados questionamentos sobre membros da diretoria remunerados e outros estatutários. Betão e Léo Franco, ocupam cargos de diretores remunerados dentro do clube. Já Thiago Dias e Eduardo Granja são estatutários.
