No mês de junho, Souza completou 100 jogos com a camisa alvirrubra, somando sua passagem na Série A de 2012, quando marcou 14 gols e ajudou na boa campanha alvirrubra no Brasileirão daquela temporada. Apesar dos gols e assistências, que surgiram principalmente em lances de bolas paradas - especialidade do volante - o jogador foi sacado por Fernando Marchiori no começo do segundo tempo das duas últimas partidas alvirrubras.
Na coletiva após o empate sem gols diante do CSA, nos Aflitos, o treinador do Timbu afirmou que a saída de Souza foi por questões técnicas.
Após não ter tido uma grande temporada em seu retorno aos Aflitos no ano passado, Souza se firmou de vez como um dos líderes do elenco em 2023, desempenhando papel essencial na campanha do Náutico, principalmente nas primeiras rodadas da Série C do Campeonato Brasileiro.
