Quando a temporada se encerra, é natural que ocorra uma reformulação no elenco. Apesar do Náutico ter mantido a base titular do time, 12 atletas deixaram o clube até o momento. Na maioria dos casos, os vínculos expiraram ao final da Série B e não foram renovados. Outros, tiveram o contrato rompido. Houve, ainda, jogadores emprestados para outras equipes.
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Dos que não tiveram renovação contratual, Halls, terceiro goleiro da equipe, rumou para o Boa Esporte. Igor Miranda, lateral esquerdo pouco utilizado, acertou com o Brasil de Pelotas. O meio-campista Dudu, que retornou ao clube na última temporada, está atuando no Sampaio Corrêa. Dadá Belmonte vai disputar a Série A2 do Campeonato Paulista pelo Água Santa. Recentemente, Jorge Henrique fechou com o Brasiliense. O único que teve uma proposta de renovação foi o goleiro Anderson, que retornou ao Athletico Paranaense.
Sem o interesse da comissão técnica, Jhonnatan e Ruy foram liberados para procurar novos clubes. Ambos acertaram com o Paysandu. Pelo time bicolor, terão a companhia do dirigente Ítalo Rodrigues e dos analistas de desempenho Anderson Borges e Brenno Lucena, que deixaram o Timbu há pouco tempo.
Por empréstimo, Rafael Ribeiro e Erick Daltro partiram para novos desafios. O zagueiro já estava acertado com o Fluminense antes mesmo de finalizar a temporada. Erick, por sua vez, retornou do Guarani e emendou mais um empréstimo. Agora, atuará pelo Sampaio Corrêa.
Renan Foguinho e Marcos Vinícius também deixaram o clube, mas não encontraram um novo destino por enquanto. Depois de ter entrado na Justiça, o lateral Kevyn dificilmente permanecerá. Outro que tem situação indefinida é o atacante Salatiel, mas, por ora, ainda é jogador do Náutico.